home *** CD-ROM | disk | FTP | other *** search
/ SPACE 1 / SPACE - Library 1 - Volume 1.iso / apps / 269 / molecule.txt < prev    next >
Text File  |  1989-01-08  |  19KB  |  483 lines
  1. ******************************************************************
  2. Molecule 3D is a Public Domain Share-ware release from West 
  3. Germany.  You are welcome to copy this program and distribute it 
  4. as long as it is not sold and this documentation remains with it.  
  5. The author is:            Rainer Paape
  6.                         Paschenburgstr. 67
  7.                           2800 Bremen 1
  8.                            West Germany
  9.           (The newest update may be purchased from him)
  10. The documentation was imported and translated by:
  11.  
  12.                          Robert Zimmerer
  13.                          131 W 2nd Street
  14.                          Port Angeles, WA  98362
  15.                          (206) 452-7529
  16.  
  17. If you are interested in more software from germany and for 
  18. details about this and other progrrams, feel free to call or write 
  19. me.                                    *See adendum for more info.
  20. ******************************************************************
  21.  
  22.  
  23.                          Molecule 3D Info
  24.  
  25.  You must have the following files in a folder named MOLEKUEL on 
  26.            your disk in order for the program to work:
  27.  
  28.  - MOLEKUEL.PRG  (contains the program)
  29.  
  30.  - MOLEKUEL.DAT  (contains the program logo)
  31.  
  32.  - RADIEN.DAT    (contains Atom-, Ion- and v.d. Waals-Radii)
  33.  
  34.  - FARBEN.DAT    (contains graphics for color coordination)
  35.  
  36.  - RGB.DAT       (contains data for color coordination)
  37.  
  38. The following files are also useful:
  39.  
  40.  - DEMO.KOO      (Demo-file for coordinates)
  41.  
  42.  - DEMO.BIN      (include file of bonds for DEMO.KOO)
  43.  
  44.  - DEMOx.PI2     (Demo graphics for high resolution)
  45.  
  46.  - DEMOx.PI1     (Demo graphics for medium resolution)
  47.  
  48.  - TEST.KOO      (Demo-file for positions of axi in space)    
  49.  
  50.  - TEST.BIN      (include file of bonds for TEST.KOO)
  51.  
  52.  - Molecule.DOC  (This file in 1st-Word format)
  53.  
  54.  - Molecule.TXT   (This file in ASCII)
  55.  
  56.  
  57. General notes:
  58.  
  59. Two sets of information are necessary for molecule representation. 
  60.  
  61.  - Atom symbols and X,Y and Z-coordinates
  62.  
  63.  - Binding list of the atoms
  64.  
  65.        
  66. Up to 216 atomic coordinates and 216 bonds can be defined.  The 
  67. maximum number of pictures in a sequence depends on the amount of 
  68. free memory.  The program determines the maximum number of 
  69. pictures allowed, each requiring about 19 Kbytes of RAM.  Around 
  70. 40 pictures can be made using a 1040ST (or 520ST with 1Megabyte of 
  71. RAM) having with TOS in ROM.  After about 30 pictures the going 
  72. gets pretty slow.  
  73.  
  74. The program operates in high and medium resolution!
  75.  
  76.  
  77. Starting the program:
  78.  
  79.      Once you are in the Molcule folder, double-klick on 
  80. "MOLEKUEL.PRG" to start the program.  If the necessary files are 
  81. not in order an error message will appear and you will be returned 
  82. to the desktop.  
  83.      If all goes well, you will be given a menu.  The bottom of 
  84. the screen displays memory and data information as well as the 
  85. free space on the disk in the drive.  The drive shown is the 
  86. default drive, from which the program was initiated.  If you want 
  87. to change drive specifications (to a second disk drive, a RAM disk 
  88. or Hard disk), click on the right or left arrow until you are at 
  89. the drive.
  90.      To check how much free space you have on the selected drive, 
  91. click on the "Freier Speicher" box (to the left of the drive 
  92. selection box)
  93.  
  94. 1      Data         ( Daten )
  95.  
  96. 1.1    Editing the coordinates  (  Koordinaten editieren  )
  97.  
  98.      In order to edit the coordinate values of the molecule, pull 
  99. down the menu item labeled "Daten" and click on the 
  100. "KOORDINATEN  EDITIEREN" entery.  This takes you to an editor 
  101. displaying the data entries in a ledger format.
  102.      Once in the editor, you may edit any column by clicking on 
  103. the entry.  The <Return> key will take you to the next line of the 
  104. column and write the new information to that line of the column.  
  105. When you are finished entering data in the column, press the <Esc> 
  106. key. (Be sure to press <Return> to write the information before 
  107. pressing <Esc>)
  108.      To move through the list, click on the arrow symbols at the 
  109. top of the screen.  The single arrows move the list one entry in 
  110. either direction, the double arrows move it 15.
  111.      The column labeled "Art" is for the atomic symbol, and the 
  112. coordinates of the molecule go in the X, Y and Z columns.  In the 
  113. line marked "Molekül" you may enter the name of the molecule.
  114.      Clicking on the box marked "Menue" returns you to the main 
  115. menue.
  116.  
  117. 1.2    Editing bonds( Bindungen editieren )
  118.  
  119.      Here you may enter/change the bonds list.  Entering and 
  120. editing the data follows the same rules in with the coordinate 
  121. editing section.  
  122.      After entering the atom pairs, the type of bond will be shown 
  123. (eg. C-C).  The bond lengths are also calculated and displayed.  
  124. This allows you to check the accuracy of your entries and find 
  125. bonds that are to short or long.  The program also checks if the 
  126. atoms are available.  If, for example, 37 atomic coordinates were 
  127. defined and a bond between atoms 34 and 38 were entered, a bond 
  128. between "34 + 0" would be displayed.  It is therefore important to 
  129. enter or load the atomic coordinates.
  130.  
  131. 1.3   Saving coordinates/bonds ( Koordinaten/Bindungen speichern )
  132.  
  133.  
  134.      When you are finished entering the data you should always 
  135. save it right away.  Click on the boxes marked "KOORDINATEN 
  136. SPEICHERN" and "BINDUNGEN  SPEICHERN" to save coordinates and 
  137. bonds respectively.  The extensions should be ".KOO" for 
  138. coordinate data and ".BIN" for bonding data. (from the german 
  139. KOOrdinaten and BINdungen)
  140.  
  141. 1.4    Loading coordinates/bonds ( Koordinaten/Bindungen laden )
  142.  
  143.  
  144.  
  145.      In order to load a Coordinate or Bonds file, click on the 
  146. entries "KOORDINATEN LADEN" for coordinate data and "BINDUNGEN 
  147. LADEN" for bonds in the "Daten" drop down menu.
  148.  
  149. 1.5  Deleting Coordinate/Bonding ( Koordinaten/Bindungen löschen )
  150.  
  151.      When you click on the entries "KoordinatenLöschen" or 
  152. "BindungenLöschen", all the data is erased from memory.
  153.  
  154. 1.6    Merging Coordinates/Bonds ( Koordinaten/Bindungen mischen )
  155.  
  156.      This menu entry allows for the union of two or more data 
  157. groups.  For example, if you wanted to compare two molecules 
  158. together on the same screen you would:  first load in the 
  159. coordinate data of the first molecule followed by its bonding 
  160. data.  Next merge the coordinate data of the second molecule with 
  161. the menu entry "Koordinaten mischen".  Follow this by merging the 
  162. bonding data of the second molecule with the menu entry "Bindungen 
  163. mischen".  
  164.      You may merge as many molecules as you want, so long as there 
  165. is enough space in the memory. (see above for maximum values)
  166.      It is very important that you are careful to follow this 
  167. procedure exactly, always alternate between loading coordinates 
  168. and bonds!
  169.  
  170. 1.7    Editing Radii( Radien editieren )
  171.  
  172.      To get into the radius editor, click on the menu entry maked 
  173. "Radien Editieren". (See above for editor controls)
  174.      The elemental symbol "CA" stands for carbon in aromatic 
  175. orbits, and "CM" stands for carbon in methylene groups.
  176.      This distinction is only meaningful in the van der Waals-
  177. radius.  All the radii are given in units of the coordinate system 
  178. (Angstoms).
  179.  
  180. 1.8    Saving Radii (  Radien speichern )
  181.  
  182.      To save radius data, the diskette in the default drive must 
  183. contain the folder "MOLEKUEL" since the data is always saved to 
  184. the file "RADIEN.DAT" in the folder "MOLEKUEL".  If the folder is 
  185. not found, error # -34 (pathname not found) occurs.
  186.      This data is automatically loaded at the beginning by the 
  187. program since all th necessary information for the diagram of the 
  188. radii is contained in it.  Great care should be taken to ensure 
  189. that this data is not lost!
  190.  
  191. 2.      Importing data   ( Inport )
  192.  
  193.      Since the atomic coordinates come originally from a mini 
  194. computer, you should try to port coordinate data from a mini 
  195. computer through the RS-232 port if the opportunity shoild present 
  196. itself.  This will save you the time consuming and "typo"-full 
  197. task of entering all the data by hand.  Data entry routines will 
  198. be released for normal calculations.
  199.  
  200. 2.1    Loading MNDO-Data   ( MNDO-Daten laden )
  201.  
  202.      If you want to load atomic coordinate data from an MNDO list 
  203. (MNDO-Rechnung), the data must have the following structure:
  204.  
  205.      Row 1     Column 1-80:   Molcule's name (comments)
  206.  
  207.      Row 2-n   Symbol and coordinates of the atom, with the 
  208.                following requirements:
  209.  
  210.                Columns 16-17: atomic symbol or number upto 20
  211.                Columns 21-30: X-coordinates
  212.                Columns 31-40: Y-coordinates
  213.                Columns 41-50: Z-coordinates
  214.  
  215.      Row n+1   Columns 1-2:  /*
  216.  
  217.      Row n+2   Columns 1-2:  //
  218.  
  219. The format of rows 2 to n are in the form of the output from the 
  220. "MOPAC" program in version 2.00.  Rows 1, n+1 and n+2 must be 
  221. filled out by hand prior to loading.
  222.  
  223. 2.2    Loading "Ab-Initio-Daten"  ( Ab-Initio-Daten laden )
  224.  
  225.      This feature hasn't been implemented yet!
  226.  
  227. 2.3    Loading "Gauss80-Daten"  ( Gauss80-Daten laden )
  228.  
  229.      This feature hasn't been implemented either!
  230.  
  231. 3      Graphics     ( Grafik )
  232.  
  233. 3.1    View         ( Zeigen )
  234.  
  235.      Shows the last calculated or loaded graphic.
  236.  
  237. 3.2    Inverting    ( Invertieren )
  238.  
  239.      Shows the last calculated or last loaded graphic in 
  240. inverted form.
  241.  
  242. 3.3    Hardcopy
  243.  
  244.      Prints a copy of the last shown graphic.  The operating 
  245. systems printing routine is used for this.  If your printer isn't 
  246. supported, you must first load the appropriate printer driver for 
  247. your machine.  The hardcopy can be printed then through the screen 
  248. dump command ( <Alt><Help> ).
  249.  
  250. 3.4    Loading      ( Laden )
  251.  
  252.      Loads a previously saved graphic.
  253.  
  254. 3.5    Saving       ( Speichern )
  255.  
  256.      This saves the last calculated and shown graphic as an entire 
  257. screen.  In monochrome the pictures have the extension ".PI2" and 
  258. can be loaded into and modified by graphics programs that handle 
  259. monochrome.  When saved from a color monitor system, the color 
  260. information isn't saved.  You can use "PAINTER.ST" to modify these 
  261. pictures.
  262.  
  263. 4      Colors       ( Farben )
  264.  
  265.      This menu selection can only be selected from medium 
  266. resolution.
  267.  
  268. 4.1    Setting RGB values ( RGB-Werte einstellen )
  269.  
  270.      This menu selection allows you to adjust the settings of the 
  271. red, green and blue for the display.  By wearing a pair of 
  272. red/green glasses and loading the file called "FARBEN.DAT", you 
  273. can get the real "3D" effect.
  274.  
  275. 4.2    Loading/Saving Color settings ( RGB-Werte laden/speichern )
  276.  
  277.      With these menu selections (RGB-Werte laden/RGB-Werte 
  278. Speichern), the color settings can be loaded and saved.
  279.   
  280. 5      Graphics Calculations  ( Menue_2 / Grafik Berechnen )
  281.  
  282.      Here you get a new drop down menu which allows all the 
  283. parameters for the representation of the molecule to be laid out 
  284. and adjusted.  This menu will only be selectable after coordinates 
  285. and bonds are available (having been entered or loaded).  This 
  286. screen contains a window (2/3 the screen) for displaying the 
  287. molecule, and a group of parameter control boxes on the right.
  288.  
  289. 5.1    Modes        ( Modi )
  290.  
  291. 5.1.1  Rotation around Original/Actual Axis
  292.                           ( Rotation um Ursprungs/aktuelle Achse )
  293.  
  294.      When rotating around the original axis, the molecule is 
  295. turned around the X, Y or Z axis.  These axii are horizontal and 
  296. verticle from the observer's perspective.  When rotating around 
  297. the actual axis, the chosen spin is taken into consideration for 
  298. the X and Y axii respectively. (se below for details)  The default 
  299. is rotation about the original axis.
  300.  
  301. 5.1.2  Rotation around the X, Y or Z axis
  302.                              ( Rotation um die X, Y oder Z-Achse )
  303.  
  304.      Determines which of the three axii the rotation will be 
  305. around.  The default is the X axis.
  306.  
  307. 5.1.3  Projection   ( Projektion )
  308.  
  309.      With verticle (senkrechter) projection the molecule is 
  310. represented without distortions.  Perspective (perspektivischer)
  311. projection distorts objects which are closer in the view more than 
  312. the objects which are further away.  The default is "senkrechte" 
  313. projection.
  314.  
  315. 5.2    Graphics     ( Grafik )
  316.  
  317. 5.2.1  Radii        ( Radien )
  318.  
  319.      Determines if and which radius should be at the end of bond 
  320. (only in "senkrechter" projection).  If the radii (Radien) is 
  321. selected, the "BINDUNGEN ZEICHNEN" should first be deselected.  
  322. The default setting for radii is no radius (kein Radius).
  323.  
  324. 5.2.2  Atom symbols ( Atomsymbol )
  325.  
  326.      Determines if the atom symbol will be displayed. (this 
  327. feature only works in "senkrechter" projection and only when the 
  328. radii are not selected!)  The default is no atom symbols (kein 
  329. Atomsymbol).
  330.  
  331. 5.2.3  Atomic number( Atomnummer )
  332.  
  333.      This displays the atomic number of the atom (same 
  334. restrictions as with atomic symbols).  The default is no atomic 
  335. number (keine Atomnummer).
  336.  
  337. 5.2.4  Show Axis    ( Achsen zeichnen )
  338.  
  339.      Determines if the axii of the coordinate system will be 
  340. displayed or not.  The default is no axis (nicht einzeichnen).
  341.  
  342. 5.2.5  Show bonds   ( Bindungen zeichnen )
  343.  
  344.      Determines if the bonds will be displayed or not.  The 
  345. default is show bonds (einzeichnen).
  346.  
  347. 5.3    Pictures     ( Bilder )
  348.  
  349. 5.3.1  Single/Animate ( Einzelbild/Bildfolge )
  350.  
  351.      When single picture (Einzelbild) is selected, only one 
  352. molecule is displayed.  When Animate (Bildfolge) is selected, the 
  353. molecule is rotated around the axis selected in Mode (Modus).  The 
  354. default is single (Einzelbild).
  355.  
  356. 5.3.2  Picture size ( Bildgröße )
  357.  
  358.      When 1/1 is selected, the entire display window is used for 
  359. the molecule diagram.  When 4/4 is selected, the window is divided 
  360. into quarters, each showing a different view of the molecule.  The 
  361. default is 1/1.
  362.  
  363. 5.3.3  Color Stereo Picture ( Farbiges Stereobild )
  364.  
  365.      This feature may only be selected in medium resolution.  Two 
  366. pictures are drawn (detailed in 5.5.7) which differ by a specified 
  367. angle.  With the help of Red/Green glasses you can get an 
  368. appearence of space (see 4.1).  This only works in 1/1 picture 
  369. setting.
  370.   
  371. 5.4    Measure      ( Maßstab )
  372.  
  373.      Determines whether the size of the diagram is automatically 
  374. or manually set.  Default is automatic.
  375.   
  376. 5.5    Setting the numerical Parameters
  377.  
  378.      Setting the numerical parameters is done by clicking on the 
  379. left or right arrow associated with the parameter.  Clicking the 
  380. right mouse button will increase or decrease the value by ten, the 
  381. left button will change the value by one.  Holding either button 
  382. down will cause the value to change until the button is released.
  383.  
  384. 5.5.1  Pictures     ( Bilder )
  385.  
  386.      This is the number of pictures used in an animation sequence.  
  387. The maximum value depends on the amount of free memory.  The 
  388. number of pictures is inversely proportional to the rotation 
  389. angle.  The default is the maximum.
  390.  
  391. 5.5.2  Rotation angle( Drehwinkel )
  392.  
  393.      Shows the angle of rotation between pictures in an animation.  
  394. The minimum value depends on the amount of free memory.  The angle 
  395. is closely related to the number of pictures in the animation.  
  396. The default is the smallest angle possible for the amount of free 
  397. memory.
  398.  
  399. 5.5.3  X/Y Rotation ( Drehung um X/Y )
  400.  
  401.      Determines how many degrees the molecule will be rotated in 
  402. space.  The default is 0 in each case.
  403.  
  404. 5.5.4  Size in Pixels( Größe in Pixeln )
  405.  
  406.      Determines the half size of the graphic in pixels.  Also 
  407. works when the measure is automatically calculated.  The default 
  408. is 150.
  409.  
  410. 5.5.5  Distance     ( Abstand )
  411.  
  412.      Determines the distance the observer is from the object (only 
  413. in perspective projection).  The default value is 16.
  414.  
  415. 5.5.6  Unity        ( Einheit )
  416.  
  417.      Determines how many pixels a unity in the coordinate system.  
  418. A change in this value only has an effect when the setting for the 
  419. Measure is in manual.  the default value is 40.
  420.  
  421. 5.5.7  Stereo picture difference ( Stereobild Differenz )
  422.  
  423.      Determines how many degrees the stereo pictures are seperated 
  424. from one another.  The setting is in tenths of degrees.  The 
  425. default value is 2.5 degrees.
  426.  
  427. 5.5.8  Show Picture ( Zeige Bild )
  428.  
  429.        Displays the pictures in the animation on the entire screen 
  430. as long as an animation has been calculated.
  431.  
  432. 5.5.9  Speed        ( Geschwindigkeit )
  433.  
  434.        Adjusts the speed with which the molecule rotates in an 
  435. animation.
  436.  
  437. 5.5.10 Start
  438.  
  439.        Begins the calculation of a molecule or shows a prepared 
  440. animation.  All of the previous functions like calculating and 
  441. drawing may be canceled by pressing the right mouse button.
  442.  
  443. 5.5.10 To Menu      ( Zum Menue )
  444.  
  445.        Returns you to the main menu.
  446.  
  447.  
  448. Subject to change w/o notice
  449.  
  450. -----------------------------------------------------------------
  451.  
  452. * Translater's Adendum:
  453.  
  454.        I must apologize for any inaccuracies in relation to 
  455. chemical terminology.  I have had the usual High School chemistry 
  456. courses and found some of the german terms identifiable.  I cannot 
  457. be held responsible for any possible damage or defamation of 
  458. character that might be incured upon use of this software.
  459.  
  460.        As stated above, this is Public Domain Share-ware from West 
  461. Germany, and may contain references to programs and software not 
  462. available in the USA.  This translation of the documentation is 
  463. also released into the Public Domain with the only restrictions 
  464. being that it may not be sold.  Copy it and pass it on.
  465.  
  466.        I have organized a disk which includes: a copy of the 
  467. original software package, including german documentation, my most 
  468. recent translation and a handy translation sheet to help you in 
  469. operating the program and reading the menus.  
  470.  
  471.        If you would like the disk & translations, send $5.50 (to 
  472. cover disk, shipping & handling, import costs & translating) to:
  473.  
  474.                          Robert Zimmerer
  475.                             Disk order
  476.                          131 W 2nd Street
  477.                      Port Angeles, WA  98362
  478.  
  479.        For more information about other PD software from West 
  480. Germany you may write to the above address or call at:
  481.  
  482.                           (206) 452-7529
  483.